Il clementino comune è un ibrido naturale tra un mandarino mediterraneo (genitore femminile) e un arancio amaro, noto come Granito (genitore maschile).

La sua diffusione iniziò nel 1898 grazie al frate Clément Rodier, membro della missione agricola dei Padri di Santo Spirito a Misserghin, in Algeria. Il nome di questo agrume deriva proprio da frate Clément.

Le altre varietà attualmente coltivate sono il risultato di mutazioni gemmarie del clementino.